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医学部本科生连续发表高水平医学生物信息学SCI论文

文章来源: 作者: 发布时间:2020年09月29日 点击数: 字体:

医学部临床本科生陈泽伟、余嘉贤、惠馨颉、康华宇等同学在学院本科生导师汪业军老师的指导下,在医学生物信息学领域作出创新成果,连续在mSystemsCommunications BiologyFrontiers in Genetics等期刊发表(共同)第一作者论文。

团队本科生同学正在课题讨论

临床2016级陈泽伟、临床2014级惠馨颉、信息工程学院2015级林明雄同学在2017-2019年近两年半时间里,通过系统挖掘和分析T3SS效应蛋白的序列特征,开发和整合多机器学习/深度学习算法和模型,建立了一个高效的T3SS效应蛋白预测方法。此成果将促进细菌致病机制和致病因子进化相关领域的研究。相应论文于20208月发表于美国微生物学会重要期刊mSystems2019年影响因子6.633),惠馨颉、陈泽伟、林明雄为论文共同第一作者,深圳大学为第一和唯一通讯单位。研究由深圳市科创委基础研究基金、大创(陈泽伟)、广东省大学生“攀登计划”(惠馨颉)资助。论文链接:https://doi.org/10.1128/mSystems.00288-20

临床2015级余嘉贤同学在老师和同学的共同指导、协作下,成功将早期应用于二代测序建库的cDNA均一化方法延伸至三代RNA测序建库,使用人外周血、胃癌和正常胃组织进行验证,证明这种均一化处理可以将三代RNA测序的捕获转录本类型覆盖率提高3-6倍。课题组进一步将该方法应用于华人胃印戒细胞癌的转录组分析,得到一组肿瘤特异的全长转录标记物。临床2016级陈泽伟同学利用cDNA均一化三代RNA测序,进一步开发了高精确单体型转录本分析工具ASIIQT。相应研究论文于20207月长文发表于Nature子刊Communications Biology,余嘉贤为论文的共同第一作者,深圳大学为第一和唯一通讯单位。陈泽伟同学凭借ASIIQT获得2019年全国大学生计算机设计大赛三等奖。研究由深圳市科创委基础研究基金、深圳海外高层次人才启动基金、孔雀团队基金、大创(余嘉贤)及广东省大学生“攀登计划”基金共同资助。论文链接:https://www.nature.com/articles/s42003-020-01125-7

目前,对于胃癌的预后与基因体细胞突变的整体关联缺乏系统了解。临床2014级惠馨颉、临床2017级康华宇同学利用TCGA胃癌在线队列进行了预后分层,并与相应的基因组水平基因体细胞突变进行关联分析,发现二者间存在着非典型相关,并且这种关联与肿瘤突变负荷以及其它临床因素无关。进一步采用一组独立胃腺癌数据进行分析和比较,发现这种预后-遗传关联存在着明显的人种/队列异质性。课题组提出一个新的特征选取方法,鉴定出20个非典型体细胞基因突变标记;使用这些特征训练和优化机器学习模型,可以对高度遗传异质性的胃腺癌预后进行高精预测。论文20208月发表于SCI期刊Frontiers in Genetics2019影响因子3.258,中科院二区),惠馨颉、康华宇为论文共同第一作者,深圳大学为论文唯一通讯单位。该研究由深圳市科创委基础研究基金、孔雀团队基金共同资助。论文链接:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.00940

团队本科生做信息数据分析

深圳大学医学部对本科同学实现一对一导师制,从而使得同学较早进入实验室体验氛围,接触学术环境,理解临床科研需求、技能和方法,培养医学科研兴趣和思维。在导师和团队其他老师、师兄师姐的指导和兴趣的驱动下,掌握各种医学科研技能,为今后的临床科研奠定坚实的基础。很多同学在本科期间通过课余时间参与到课题中,得到了充分的锻炼,并且取得大量的优秀科研成果。


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