医学院课程设置以符合国际医学教育的最低标准和培养学生通过国家医生资格考试为起码标准，并持续建设和创新，以满足医学院长远办学目标。实行“以临床导向基础的器官系统模块整合的课程体系”及“以问题为中心的”教学法等先进的教学理念。目前医学院临床医学本科课程体系由主干课程及综合课程组成，主干课程包括通识基础模块、生命科学与医学基础模块、系统融合模块（包含运动、呼吸、消化、免疫、血液、循环、泌尿、生殖、神经、内分泌十大系统）、基础与临床桥梁模块、临床课程模块，同时还计划设置为期3个月的“高级选修”课程，主要为学生在基础、临床学习实践后，根据个人潜力选择“深度学习”的时期，将学生派到境（内）外著名高等医学院校，完成3-5个月“高级选修”课程学习。为学生提供进一步的基础与临床知识和技术能力培养的机会。综合课程则由人文素养模块、预防医学模块及创新科研模块组成。整个课程系统中部分核心课程采用双语或全英教学。