深圳天然小分子创新药物工程实验室着眼于平台建设和新药开发能力的提升。工程实验室在创新药物的发展策略是针对研发天然小分子药物，建立分子药学研究平台和活性物质基础研究平台；采用中药和药用植物活性微量成分高效富集技术，规模化天然成分纯化制备系统技术，特异性分子异构体分离技术，以结构类型为门类，构建生物碱、萜类、多酚类、苷类、肽类等天然小分子化合物标准品及活性先导化合物库。 整合学科优势，应用分子多靶点药物筛选手段，在分子水平上和分子构效的角度上，研究与开发出具有自主知识产权的、高效安全的并具备强大市场竞争力的抗肿瘤、抗病毒感染性疾病的天然小分子创新药物。

在技术上服务于深圳市生物医药企业；在新药研制上开创药物研究的新途径；在学科建设上培养高素质的药学专业人才；在生物医药发展上注入强劲的原创动力；在达成深圳市战略发展规划目标中发挥积极的推动作用。

天然小分子创新药物工程实验室针对肿瘤、病毒及感染性等重大疾病，从分子水平上和分子构效的角度上，研究和开发出具有自主知识产权的，高效、安全，并具备强大市场竞争力的创新药物；形成具有行业领先水平、结构合理的创新团队，构建长效的产学研合作机制，成为应用研究成果向产业化转化的有效渠道、产业技术自主创新的重要源头和提升企业创新能力的支撑平台；研究产业技术标准、培养工程技术创新人才、促进重大科技成果应用、为行业提供技术服务等。天然小分子创新药物工程实验室将实现以下四个方面的功能：技术创新、成果转化、创新人才培养及国际学术合作。