基础医学院是深圳大学医学部下属的教学和科研重点学院。2008 年深圳大学医学院成立，开始设立基础医学系，于 2015 年 6 月正式成立基础医学院。2016年获批基础医学一级学科硕士授权点，2024年获批基础医学一级学科博士授权点。学院下设10个二级学系：解剖与组胚学系、生理学系、生物化学与分子生物学系、细胞生物学与医学遗传学系、医学免疫学系、病原生物学系、病理学系、病理生理学系、药理学系、神经再生医学系，及1个基础医学教学实验中心，1个临床医学本科专业和1个公共服务平台。 承担医学部6个专业、各层次的基础医学课、专业基础课和专业课教学工作。现开设了大类平台课9门，专业核心课92门，专业选修课46门，全校公共选修课15门，每年承担约1.5万学时的教学任务。

基础医学院现有教师 102人，其中教授34 人、副教授 29人。包括诺贝尔奖获得者1人，中国工程院院士1人，国家基金委“杰出青年基金”获得者3人，长江讲席教授1人，国家基金委“优秀青年基金”获得者4人，“海外优秀青年基金”获得者及同级人才4人，教育部新世纪优秀人才计划入选者2人，广东省自然科学基金杰出青年项目获得者1人，广东省特支计划杰出人才1 人，广东省特支计划领军人才1 人，广东省特支计划青年拔尖人才2人，广东省千百十工程省级以上培养对象 1 人，深圳市优青2人。

基础医学院现拥有 1 个国家级重点平台：示范型国际科技合作基地(科技部)；5 个省级重点实验室：国家生化工程技术研究中心(科技部)、广东省基因组稳定性与疾病防治重点实验室、广东省感染免疫与炎症重点实验室、广东省标准化过敏原工程技术研究中心、深圳大学生物安全三级实验室；6 个市级重点实验室：深圳市代谢与心血管稳态重点实验室、深圳市系统衰老与主动健康重点实验室、深圳市过敏反应与免疫学重点实验室、深圳市肿瘤转化医学重点实验室、深圳细胞衰老与再生创新研究重点实验室(组建)、深圳市骨科疾病再生技术工程实验室。

近5年获各类科研项目366项，主持国家级项目110项（其中国自然重大项目、科技部重点研发计划等重大、重点类项目16项，杰青项目2项，优青项目1项，海外优青1项），累计科研经费超过4.5亿元；近5年，以深大为第一作者或通讯作者单位发表 SCI/SSCl收录论文665余篇，包括 Nature、Science、Cell及其子刊等国际一流期刊35篇。 

（2025年3月更新）