医学部党委现有党员759人，其中教工党员252人，学生党员507人；下设2个基层党委、16个直属党支部，共计29个党支部。

  医学部党委在上级党委的正确领导下，学习宣传贯彻党中央和上级党委的指示精神，认真贯彻落实《普通高等学校基层组织工作条例》，以“样板支部”建设为抓手，加快推进“双带头人”培育工程，促进党建与业务深度融合，在学生培养、社会服务、人才服务、文化建设等方面不断加强党建与业务工作双融双促，打造坚实战斗堡垒。2018年12月，直属本科生党支部获批教育部首批全国党建工作样板支部，并于2020年12月正式通过了教育部思想政治工作司关于首批新时代高校党建示范创建和质量创优工作的结项验收。生物医学工程学院教工一党支部、直属本科生第二党支部入选“深圳大学第三批党建工作样板支部培育创建单位”；深圳湾党支部入选“深圳大学研究生样板党支部立项单位”；科创“医”点通——医学生科创实践与竞赛服务工作品牌”获深圳大学第四批党建工作精品项目立项；直属本科生第三党支部入选“深圳大学第五批党建工作样板支部培育创建单位”。以医学部基础医学院党委为主体负责的深圳大学医学部志愿捐献遗体登记接受站（深圳大学红十字会）获“广东省红十字系统先进集体”称号。2021年建党百年之际，医学部党委获深圳市委教育工委“先进基层党组织”称号。